Van 1931 tot 1944 was 90% van de bevolking lid van de Gereformeerde Kerk. In 1941 werden de gereformeerden van Eemdijk zelfstandig. De twee gereformeerde schoolverenigingen zijn nooit verenigd. Oude A- en B-sentimenten bleven echter bestaan. Ze werden levendig gehouden door de landelijke theologische discussies tussen de volgelingen van Abraham Kuyper en de ‘nieuwe’ (maar in feite afgescheiden) theologie die in de Kamper professor Klaas Schilder een spreekbuis vond. Toen het in 1944 in de landelijke kerk tot een scheuring kwam, deed deze zich ook in Bunschoten voor. Vijf weken later nam de kerkenraad van Eemdijk unaniem ook het besluit tot vrijmaking.
De scheiding had gevolgen op politiek gebied. De vrijgemaakten sloten zich meer en meer aan bij het in 1948 opgerichte GPV (hoewel niet allen dat deden), dat in 1953 vertegenwoordigers in de gemeenteraad kreeg. De nieuwe vanuit Kampen gestimuleerde manier van preken zorgde wel voor een gestage uittocht van meer bevindelijke leden naar de christelijke gereformeerde kerk, die tot dan toe vrij klein in de marge figureerde.
In 1969 trad 20% van de vrijgemaakten uit, omdat zij het minder konden vinden met de nadruk op de eigen lijn. Ze vormden de Nederlands Gereformeerde Kerk.
De beide gereformeerde kerken en de christelijke gereformeerde kerk bouwden hun eigen kerkelijk leven op. Er werden nieuwe, grote kerkgebouwen neergezet. Het aantal predikantsplaatsen werd uitgebreid: bij de gereformeerden (syn) tot 3 in 1977, de gereformeerden (vrijg) tot 6 in 1975 en 12 in 2000, de christelijke gereformeerden tot 2 in 1974. Buiten de wekelijkse kerkdiensten en de studieverenigingen kwamen er tal van nieuwe activiteiten, die de sociale rol van de kerken versterkten.
De kleine en vrij behoudende groep hervormden, die zich in 1935 bij de Gereformeerde Bond aansloot, kreeg vanaf 1970 enige versterking door de instroom van nieuwe bewoners van buiten.
In 1972 splitsten de gereformeerden (vrijg) zich in drie zelfstandige gemeenten: Spakenburg-Noord (Noorderkerk), Spakenburg-Zuid (Maranathakerk) en Bunschoten (Petrakerk). In 1987 splitste Bunschoten in Oost (Petrakerk) en West (Immanuëlkerk). De christelijke gereformeerden kregen in 1990 hun tweede kerkgebouw, De Fontein. De gereformeerden (syn) gingen in 1974 over tot de vorming van drie wijkgemeenten.
Tegenover deze zichtbare organisatorische opbouw bestaat echter de laatste jaren een beweging van afbraak: er is toenemende ontkerkelijking, onverschilligheid en vrijblijvendheid, minder kerkbezoek en uitstroom naar zogeheten evangelische groepen, die zowel in als buiten het dorp samenkomen. Los daarvan zijn de kerkdiensten veelvormiger geworden en is er steeds meer liturgische vrijheid en vernieuwing gekomen, in de ene kerk meer dan in de andere. Na een periode van toenemende verdeeldheid lijkt er na 1990 langzaam meer wederzijds begrip te komen. Er zijn gesprekken, weliswaar moeizaam, tussen de drie kerken die hun wortels in de Afscheiding hebben (GKV, CGK, NGK). Sinds 2004 zitten de Gereformeerde Kerk (syn) (GK) en de Nederlandse Hervormde Kerk (NHK) formeel in het éne kerkverband van de PKN; maar daarmee houdt de onderlinge relatie wel op.
De rooms-katholieke bevolking van Zevenhuizen behoorde vanouds tot de parochie Hoogland. De ongeveer 300 katholieken in Bunschoten zijn dat ook, maar beleggen eigen erediensten in de Adventkerk.
Er bestaan inmiddels ook een drietal evangelische groeperingen die een paar honderd bezoekers trekken.