Het Hoogheemraadschap van de Bunschoter Veen- en Veldendijk liet in 1666 een nauwkeurige kaart maken van alle percelen die moesten bijdragen aan het onderhoud van de zeedijk die hen beschermde. Elk perceel werd precies opgemeten en kreeg een nummer. Voor zover we weten is het gebied van Bunschoten toen voor het eerst heel gedetailleerd in kaart gebracht. Eén van de oorspronkelijke drukken hangt in het Bunschoter gemeentehuis in de burgerzaal. Tot de invoering van het kadaster in 1832 is van deze eerste polderkaart gebruik gemaakt bij boedelscheidingen en landverkopingen.
Na twee eeuwen geharrewar over het onderhoud van de zeedijken rond de Bunschoter polders kwam er in 1603 eindelijk een definitieve regeling tot stand, die door de Staten van Utrecht werd bekrachtigd. In dat jaar is de voorloper van het Hoogheemraadschap van de Bunschoter Veen- en Veldendijk opgericht. Aan het hoofd stonden vijf heemraden, van wie één uit Bunschoten. Zij kozen de dijkgraaf. Dit bestuur hield niet alleen jaarlijks een zogeheten schouw, maar kon de dijken bovendien zelf laten herstellen na schade en achterstallig onderhoud. Alle landen die door deze dijk werden beschermd werden dan aangeslagen in de kosten. Voor een eerlijke kostenverdeling is in 1666 de bovengenoemde kaart gemaakt.
Het hoogheemraadschap was opgericht om het land tegen dreigend buitenwater te beschermen. Voor de afwatering van overtollig binnenwater bestonden er vanouds ongeveer vijftien kleine poldertjes met eigen sluisjes, vooral in de Eemdijk. Boven-Duyst loosde zijn water via een brede sloot langs de Nieuwe weg (Groeneweg) (geregeld in 1492), Neer-Duyst deed dat via de Neerduysterwetering langs de Bisschopsweg naar de Eem, en De Haar via een wetering die ten zuiden van Eembrugge in de Eem uitkwam (geregeld in 1545). De Koenraadswetering is in 1706 langs de Zuidwenk gegraven om de afwatering van Neer-Duyst te verbeteren.
Uit de zeventiende eeuw dateren de eerste grote weteringen in de grote open polder Bunschoten te Veld, die het overtollige polderwater moesten afvoeren. De Amsterdamse burgemeester Jan Bicker heeft in 1641 de Bikkersvaart laten graven om meer profijt van zijn landerijen in Bunschoten te kunnen trekken. Verschillende afwateringsgebieden werden samengevoegd tot grotere polders. De besturen ervan bestonden uit een hoofdman en twee tot vier heemraden. De weteringen die in hun gebied werden gegraven, hebben in de 20e eeuw hun naam aan de grote nieuwbouwwijken gegeven.
De Veldendijk was vanaf 1604 voor sommige delen versterkt met paalwerk. In april 1702 brak deze dijk bij de tegenwoordige Oude Pol door en liepen de polders voor de zoveelste maal onder water. Het hoogheemraadschap heeft bij die gelegenheid besloten landinwaarts een inlaagdijk aan te leggen. Dit werd de huidige Westdijk tussen Schapenhok en Oude Pol. Een deel van de Korte Landen kwam toen als buitenmaten buitendijks te liggen. Het dijksbestuur kocht deze landerijen van de boeren om de grond te gebruiken voor de nieuwe dijk.
Vanaf 1731 was de uit Azië afkomstige paalworm een ernstiger plaag voor de Nederlandse dijken dan de regelmatige stormen. Direct aan zee liggende dijken zijn daarna versterkt door uit Noorwegen of Ierland afkomstige keien en basaltblokken. Dit was een kostbare aangelegenheid.
Als gevolg van het Provinciaal Reglement Waterschappen werden de polderbesturen in 1857 officiële waterschappen. Toen kwamen er weer enkele grotere polders bij. De uitwatering van al deze polders via de spuisluis in de haven van Spakenburg kwam in het Waterschap van de Bunschoter- en Duyster Uitwatering in Zee (1862; gedeeltelijk opvolger van het College van de Directeuren van de Zeehaven van Bunschoten en Spakenburg; het beheer van de haven werd toen gemeentelijk). Dit laatste waterschap kreeg in 1869 een stoomgemaal aan het Spui in Spakenburg. Dit gemaal werd in 1920 elektrisch. Al met al werden de meeste landerijen in Bunschoten driemaal aangeslagen: kort gezegd: voor de polder, voor de dijk en voor het Spui.